Pada tahun 1966, Utzon digantung dari projeknya kerana perselisihan kewangan yang dia miliki dengan pihak berkuasa Australia. Arkitek, yang meneruskan pembinaan teater, memindahkan dewan opera di dalam bangunan, dan juga menambahkan beberapa lagi auditorium, yang pada awalnya tidak dirancang, ke dalam projek itu.
Akibatnya, dewan utama rumah opera mempunyai kualiti akustik yang biasa-biasa saja kerana ukurannya yang tidak mencukupi, sebilangan pemuzik orkestra harus duduk pada kedalaman 12 m dibandingkan dengan panggung, dan penari yang meninggalkan pentas perlu diinsuranskan sehingga bahawa mereka tidak memukul dinding konkrit: agar mereka dapat menghentikan diri mereka, tidak.
Utzon kini mengusulkan untuk menurunkan tingkat dewan dengan ketinggian 4 meter, menggunakan ruang premis pentadbiran dan teknikal di bawahnya, dan bagi mereka, pada gilirannya, memotong petak baru di dasar batu karang di mana teater berdiri. Ini akan meningkatkan suara muzik, dan akan ada lebih banyak ruang kosong di belakang panggung.
Jorn Utzon sendiri tidak akan dapat datang dari Denmark ke Sydney: pada usia 88 tahun, ia akan menjadi terlalu sukar baginya. Sekiranya pihak berkuasa meluluskan projek itu, anaknya Ian akan mengawasi pelaksanaan projek tersebut.
