Bangunan ini terletak di kaki batu di mana Acropolis berada. Oleh kerana keunikan laman web ini, ia berorientasi sepanjang sumbu timur-barat, tetapi menempati seluruh tingkat atas, ketiga, Galeri Parthenon dikerahkan dengan tajam berkaitan dengan isipadu utama bangunan dan menghadap ke utara. Ini bukan hanya memungkinkan untuk menyelesaikan sebagian masalah kepanasan di iklim panas, tetapi juga menghubungkan dewan secara visual dengan patung-patung yang pernah menghiasi fasad kuil besar, dengan Parthenon itu sendiri, yang terletak kurang dari 300 meter dari muzium. Kesan dinamik penyelesaian ini mengisi bangunan dengan tenaga; yang satu ini dapat melihat makna simbolik tertentu: seolah-olah beralih ke Acropolis, ke masa lalu, yang sesuai dengan mesej politik yang dikeluarkan oleh pemerintah Yunani ke dalam bangunan baru: mari kita balikkan jam dan bawa kembali monumen itu ke keadaan asal (atau sekurang-kurangnya menyatukan semua bahagiannya sekarang disimpan di London, Paris, Palermo, Rome)
Retorik semacam itu dapat mempengaruhi projek seni bina: walaupun setelah kemenangan versi Chumi dalam pertandingan pada tahun 2001, terdapat banyak penyokong reka bentuk neoklasik bangunan muzium di Yunani. Walau bagaimanapun, jumlah kaca, konkrit dan marmar yang sangat bijaksana memberikan latar belakang yang jauh lebih bijaksana untuk koleksi patung dari zaman kuno hingga zaman Rom daripada struktur "bersejarah".
Kerana fakta bahawa peninggalan suku kota kuno ditemui di bawah bangunan, diputuskan untuk menaikkannya di atas tanah pada 100 penyangga konkrit dengan "engsel", yang harus mengurangkan getaran sekiranya terjadi gempa bumi; pada pandangan pertama, mereka disusun secara rawak, tetapi sebenarnya - agar tidak merosakkan penemuan arkeologi. Asas rumah-rumah kuno dapat dilihat melalui bukaan dan kawasan kaca di lantai dasar muzium, di mana ruang depan dan ruang pameran sementara berada. Dari sana, pengunjung naik ke tingkat dua, di mana semua pameran dipamerkan, kecuali patung Parthenon, dan terdapat juga teres terbuka dengan kafe. Lantai ketiga dengan "Galeri Parthenon" adalah ruang kaca segi empat tepat, di tengahnya terdapat isipadu konkrit, mengulangi ukuran sela kuil. Feri yang terkenal dengan perarakan Panathenaic telah dibuat di atasnya dari bahagian dan pelakon asli.
Suasana serius "kuil seni" di muzium akan berterusan walaupun terdapat banyak pengunjung yang diharapkan: kebisingan akan diserap oleh banyak lubang bulat yang dibuat di dinding konkrit. Selain tiadanya hiasan, jumlah tanda dan label telah dikurangkan hingga minimum yang diperlukan: tidak ada yang boleh mengalihkan perhatian dari pameran. Laluan yang difikirkan dengan baik akan memudahkan pemeriksaan koleksi: dari penggalian arkeologi di bawah bangunan hingga arca kuno di tingkat dua, kemudian ke Galeri Parthenon di tingkat ketiga, dan seterusnya ke karya-karya Hellenistik dan Zaman Rom.
